管理人が「マザー」の正体について好き勝手に考えるだけの記事です。
EP3およびEP4のネタバレを含みます、ご注意ください。

そもそも「マザー」とは何なのか

EP4に入ってからと言うもの、「マザー」という単語をやたらと耳にしますが、マザーとは一体？
ヒツギやコオリの話を聞く限りだと、姿は見えないものの「マザー・クラスタ」のメンバーには声が聞こえるようです。

恐らくエーテル通信や幻創種を生み出すための技術もマザーによってもたらされたものなのでしょう。
人類が本来手にするはずのなかった知識や技術を供与してるというところをみると、
シオンと同じ一種の全知存在であるかのような印象を受けますが…

ここで思い当たるのがEP3の外伝におけるアウロラのセリフ。

フォトナーは、全宇宙に版図を広げ肥大化した
組織の管理を任せるためにシオンちゃんのコピーを作ろうとした。
一番最初のなんか性能カンペキ。
でも、全然制御できない失敗作で結局、亜空間に捨てちゃった。

この「シオンのコピー」こそが、マザーの正体なのではないでしょうか。
だとすると、PSO2の世界と地球が繋がったことにも関係がありそうです。
PSO2における地球は、オラクル船団がいる宇宙とは別次元に存在する惑星とのことなので、フォトナーが亜空間に破棄したシオンのコピーが流れ着いていても不思議ではないような気がしますね。

むしろ「アル」の方が怪しい…？

マザーの正体は今のところ分かりませんが、そのマザーが必死になって回収しようとしているアルの正体は何なのでしょうか。
EP4冒頭のシーンに登場した「謎の影」はどうやらダーカー側の存在であるようですが、アルが登場して以降は全く姿を見せていません。もし仮に、アルの正体が「謎の影」であるならば、マザーはそれを知っていて狙っている可能性が高そうですね。
アルを始末して地球の人々を守るため、という可能性もありそうですが…

少なくとも現時点では、「マザー＝悪」とは断定出来なさそうです。